深圳高新企業認定涉及企業的方方面面，在實際申報過程中也會遇到各式各樣的問題，根據以往實操經驗，我們從8大模塊中總結了以下幾點常見問題，僅供參考，盡量避免。
一、知識產權
1、申請的知識產權類型與企業產品服務不符、獲取時間不符合高新要求；2、高新企業認定提出申請時，專利暫未獲得授權，僅處于受理中；3、專利僅有授權通知書，無繳費單據，無法證明專利權處于法律保護狀態；4、非自有專利未辦理轉讓手續；5、轉讓的專利無原專利證書復印件或國家知識產權局出具的所有權轉讓證明，無法判斷原專利獲取時間和所有權人。
二、研發費用
1、研發費用核算不清、輔助賬不完整、不規范或暫未建立。需按《高新技術企業認定工作指引》相關要求編制研發費用輔助賬，歸集研發費用；2、研發費用真實性存疑，研發費大于管理費或占比過高；3、研發費歸集不合理，如研發人員人員年均費用遠低于一般人員水平，直接投入占研發費總額的比例過高，不同研發項目支出金額、結構完全一樣；4、委托外部研發的支出全額計入研發費，未按80%計入研發費；5、研發費用中其他費用占比超過20%；6、研發費用明細表和研發項目（RD）表不一致；7、委托外部研發支出與附件材料產學研合作協議所列不一致，如某研發項目為產學研合作項目，但該項目研發結構明細表中無委托外部研發支出；8、研發項目無證明材料，項目立項報告千篇一律，臨時拼湊。
三、高新技術產品收入
1、高新技術產品收入核算不清，歸集不規范。如總收入核算不準確，投資收益或營業外收入未計入總收入；2、高新技術產品不屬于領域目錄范圍；3、主要高新技術產品無知識產權關聯，或相關知識產權未授權，不在有效期。
四、科技成果轉化
1、無科技成果轉化匯總表，無法判斷成果項數；2、科技成果轉化附件材料混亂、裝訂無序，與成果轉化匯總表中所列不一致；3、科技成果轉化證明材料單一，僅有轉化效果證明材料，如銷售合同、發票，樣品圖片等，無科技成果技術證明材料。
五、科技人員
1、科技人員材料簡單，格式不規范，不符合要求，如無花名冊、名冊中無法判斷是否為科技人員；2、人員數據申請書和附件材料不一致；3、花名冊中科技人員占比不達標。
六、組織管理水平
1、組織管理水平材料混亂，未針對評價標準逐項提供；2、證明材料單一，多數為制度或文件，無執行情況。如研發獎勵僅有制度，無落實情況。
七、財務會計報告
1、財務會計報告不完整，僅提供正文和會計報表，無附注；2、會計報表中各年度數據不一致，且無差異情況說明。如2015年報表中上年數據與2014年報表中期末數據不一致；3、會計報表附注披露的管理費科目明細中無研發費用數據，或披露的研發費用數據與專項審計報告中研發費用數據不一致，差異較大；4、含子公司的企業會計報表為公司合并報表，含子公司數據。
八、高新專項審計報告
1、高新專項審計報告不完整，無編制說明；2、高新專項審計報告所附表格不規范，未按規定的樣式列示。如未分年度、分項目列示、所附表格單位為元，按要求應為萬元，保留兩位小數；3、高新專項審計報告中計算研發費占比，高新技術產品收入占比時，銷售收入、總收入口徑錯誤，銷售收入應為主營業務收入和其他業務收入之和，總收入是收入總額減去不征稅收入；4、高新專項審計報告中研發項目支出與申報材料中所附研發費輔助明細賬不一致；5、財務報表數據、稅務系統中報稅數據、專項審計報告數據，三者不一致，差異較大。
